Kubin nació en Leitmeritz, Bohemia, que entonces era parte del Imperio austrohúngaro. Desde 1892 hasta 1896 estudió fotografía. Entre 1898 y 1901, Kubin estudió en la escuela de arte Schmitt Reutte y en la Academia de Múnich. En 1902 comenzó a colaborar con la revista satírica Simplicissimus. Ese mismo año expone en Berlín y publica su primera recopilación de dibujos el año siguiente. Produjo un pequeño número de pinturas al óleo entre 1902 y 1910 pero pronto comenzaron a predominar en su producción otras técnicas, el dibujo con pluma a tinta china se convirtió en su medio favorito, también realizó acuarelas, y litografías. Viaja, sobre todo a París, y emprende una gran amistad con Franz Kafka.
